Infections urinaires communautaires : cystite, pyélonéphrite et infection urinaire masculine

HAS • SPILF • Mis à jour

Résumé des recommandations pour le généraliste

Recommandations pour le traitement des infections urinaires communautaires de l’adulte à partir de 16 ans:

  • Colonisation urinaire
    Traitement uniquement pendant la grossesse et avant un geste urologique.
  • Cystite aiguë simple
    Fosfomycine trométamol 3g dose unique.
  • Cystite aiguë à risque de complication ou infection urinaire masculine pauci-symptomatique
    Privilégier si possible un traitement différé adapté à l’antibiogramme.
  • Pyélonéphrite aiguë simple
    Vérifier les indications à l’hospitalisation, ECBU en urgence puis Ciprofloxacine 500 mg x 2/j et réadaptation avec l’antibiogramme.
  • Pyélonéphrite avec facteur de risque de complication sans signe de gravité
    Bilan biologique, uroscanner et antibiothérapie probabiliste identique à la PNA simple.
  • Grossesse
    • BU mensuelle à partir du 4e mois pour toutes (ou ECBU mensuel en cas d’antécédent d’IU pendant la grossesse, uropathie, diabète, antécédent de cystites récidivantes)
    • Colonisation urinaire: antibiothérapie d’emblée adaptée et ECBU de contrôle J8-J10
    • Cystite: ECBU, antibiothérapie probabiliste puis ECBU de contrôle et mensuel
    • Pyélonéphrite: Urgences

Bandelette urinaire (BU)

La bandelette urinaire détecte une leucocyturie (seuil 104 leucocytes/mm³) ou des nitrites signant une entérobactérie.

Devant des signes évocateurs d’infection urinaire (IU) chez l’immunocompétent, une bandelette urinaire normale permet d’éliminer une IU chez la femme (VPN +95%) ou en faveur d’infection urinaire masculine lorsqu’elle est positive (VPP +90%)

NB. Une BU peut être réalisée en pharmacie en cas de suspicion de cystite simple. La patiente est orientée vers le médecin en cas de positivité.

Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

Indications à l’ECBU: toute suspicion clinique d’infection urinaire sauf cystite simple ou colonisation urinaire nécessitant un traitement (grossesse ou geste urologique programmé).
L’ECBU est réalisé avant l’antibiothérapie.

NB. Conservation possible des urines 12 heures à 4°C (Collège).

Prise en charge d’un ECBU positif

  1. Signes cliniques ou non ?
    Si non, colonisation urinaire. Ne pas traiter sauf grossesse ou geste urologique programmé.
  2. Signes généraux ?
    Si non, cystite aiguë.
  3. Signes de gravité ?
    Si oui, appel du 15 ou adresser aux Urgences selon l’évaluation clinique.
  4. Facteur de risque de complication ?
    Si oui, traitement de la forme à risque de complication.

Un ECBU de contrôle est réalisé uniquement en cas d’évolution défavorable.

Seuils de positivité de l’ECBU

Tableau. Seuils de bactériurie à l'ECBU selon le germe et le sexe pour le diagnostic d'infection urinaire selon SPILF 2018
BactérieSeuil femme (≥ UFC/mL)Seuil homme
E. coli, S. saprophyticus10³10³
Entérobactérie autre que E. coli,
entérocoque, C. urealyticum,
P. aeruginosa, S. aureus		10410³

Signes de gravité d’une infection urinaire

Rechercher des signes de gravité devant toute infection urinaire avec des signes généraux:

  • Gravité du sepsis
    Sepsis grave (Quick SOFA ≥ 2), choc septique.
  • Nécessité de geste urologique (autre que sondage vésical) en péri-opératoire

Facteurs de risque de complication d’une infection urinaire

« Le diabète, type 1 ou 2, n’est pas un facteur de risque de complication » (HAS 2021)

  • Anomalie fonctionnelle ou organique urinaire
    Résidu post-mictionnel (neurologique ++), reflux, lithiase, tumeur, acte urologique récent.
  • Comorbidités
    • Homme
    • Grossesse
    • Sujet âgé fragile: +75 ans
      ou +65 ans avec ≥ 3 critères de fragilité: amaigrissement sur l'année, marche lente, faible endurance, faiblesse/fatigue, activité physique réduite (Fried et al.)
    • Insuffisance rénale sévère (clairance < 30 mL/min)
    • Immunodépression grave

En l’absence de facteurs de risque de complication, l’infection urinaire (IU) est dite simple.

Colonisation urinaire
ex bactériurie asymptomatique. Présence de micro-organismes dans les urines sans manifestations cliniques.
En dehors de la grossesse (voir Infections urinaires gravidiques) ou avant un geste urologique programmé, il n’y pas de seuil de bactériurie.

Cystite aiguë simple

Symptômes de la cystite: brûlures mictionnelles, pollakiurie, impériosité/urgenturie ou dysurie dits signes fonctionnels urinaires (SFU), urines troubles ou hématuriques.

Prise en charge de la cystite par BU (leucocytes+ voire nitrites+) et antibiothérapie probabiliste:

  1. Fosfomycine trométamol 3g dose unique
  2. Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 3 jours

ECBU uniquement en l’absence d’amélioration à 72 heures, récidive dans les 2 semaines ou double contre-indication. Le traitement adapté à l’antibiogramme sera celui des cystites à risque de complication.

Traitement « minute » possible chez la jeune fille uniquement si pubère (SPILF 2020).

En cas de BU négative, rechercher un diagnostic différentiel: mycose, urétrite, sécheresse cutanéo-muqueuse.
Une BU peut être réalisée en pharmacie avec orientation vers le médecin en cas de positivité.

En cas de cystite aiguë sur sonde urinaire: 3 jours d’antibiothérapie (SPILF 2020)

Cystite aiguë à risque de complication

ECBU en cas de facteur de risque de complication et antibiothérapie différée autant que possible.

Antibiothérapie probabiliste uniquement en cas de symptômes marqués:

  1. Nitrofurantoïne (Furadantine®) 100 mg x 3/j pendant 7 jours
    Sauf clairance < 45 mL/min.
  2. Fosfomycine trométamol 3g dose unique

Antibiotique de préférence adapté à l’antibiogramme:

  1. Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
  2. Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours
  3. Nitrofurantoïne 100 mg x 3/j pendant 7 jours

ECBU de contrôle uniquement en l’absence d’amélioration à 72 heures ou récidive précoce dans les 2 semaines.

Bladder-scan si suspicion de rétention aiguë d’urines.

Cystite récidivante

Cystite aiguë récidivante
Au moins 4 cystites sur 12 mois, associées ou non à un facteur de risque de complication (vessie neurologique ++).
L’objectif est le contrôle des symptômes et non la stérilisation des urines.

ECBU pour les premiers épisodes de récidive et uniquement en cas d’échec après 72 heures de traitement.
Chez la femme non ménopausée, examen clinique pelvien et urétral et calendrier mictionnel (PDF).

Bilan avec échographie des voies urinaires et mesure du résidu post-mictionnel (RPM), voire débitmétrie urinaire, bilan urodynamique, uroscanner sur avis spécialisé.

Traitement des cystites récidivantes

  • Avec facteur de risque de complication: concertation pluridisciplinaire
  • Sans aucun facteur de risque de complication
    • Traitement d’une cystite simple (sauf nitrofurantoïne) jusqu’à 1 fois par mois
    • Si éducation possible: auto-BU et auto-antibiothérapie si positive, suivi semestriel

Éviter au maximum une antibioprophylaxie au long cours. En dernier recours avec > 1 épisode par mois et échec des autres mesures, sur avis spécialisé, par fosfomycine trométamol 3g 1 dose/semaine ou triméthoprime 150 mg/j au coucher (voire cotrimoxazole 400/80 mg/j au coucher).

Cystites post-coïtales: mêmes antibiotiques à prendre dans les 2 heures avant ou après le rapport, sans dépasser le rythme de la prophylaxie continue.

Prévention des cystites récidivantes

Prophylaxie des cystites récidivantes:

  • Apport hydrique ≥ 1,5/j
  • Mictions non retenues
  • Régularisation du transit intestinal
  • Arrêt des spermicides
  • E. coli: canneberge avec cible d’apports de 36 mg/j de proanthocyanidine
  • Ménopause: œstrogènes en application locale (après avis spécialisé)

Cette section concerne uniquement la femme non enceinte (la femme enceinte et l’homme ont une section dédiée).

Pyélonéphrite aiguë (PNA)
Infection urinaire le plus souvent bactérienne atteignant le rein.
Signes fonctionnels urinaires avec douleurs en fosse lombaire unilatérale (spontanée ou provoquée), signes digestifs, signes généraux (fièvre, frissons).

BU et si positive ECBU.

Indications à une hospitalisation pour pyélonéphrite aiguë

  • Signe de gravité
  • Immunodépression grave
  • Forme hyperalgique
  • Incertitude diagnostique
  • Vomissements empêchant un traitement oral
  • Doute sur l’observance ou la surveillance
  • Poly-allergies ou multi-résistances
  • Décompensation d’une comorbidité
  • Rétention d’urine, obstacle urinaire

Pyélonéphrite aiguë simple

Antibiothérapie probabiliste juste après l’ECBU:

  1. Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j
    Sauf fluoroquinolone dans les 6 mois.
  2. Ceftriaxone IM 1 g/j (2g si obèse)
  3. Hospitalisation

Échographie rénale sous 24 heures si évolution défavorable après 72 heures d’antibiothérapie.

Adaptation à l’antibiogramme dès le rendu des résultats:

  1. Amoxicilline 1g x 3/j pendant 10 jours
  2. Cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j pendant 10 jours
  3. Amoxicilline-acide clavulanique 1g x 3/j pendant 10 jours
  4. Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j ou ofloxacine 200 mg x 2/j pendant 7 jours
  5. Céfixime 200 mg x 2/j pendant 10 jours
  6. Ceftriaxone IM 1 g/j pendant 7 jours (2g si obèse)
  7. Entérobactérie productrice d’E-BLSE
    1. Ciprofloxacine ou lévofloxacine
      ou cotrimoxazole
    2. Amoxicilline-acide clavulanique
    3. Céfoxitine
    4. Hospitalisation

Réévaluation systématique à 72 heures.
ECBU de contrôle uniquement en cas d’évolution défavorable après 72 heures.

Pyélonéphrite aiguë à risque de complication

En présence d’une pyélonéphrite avec facteur de risque de complication sans signe de gravité:

  • Bilan biologique: CRP, créatininémie
  • Uroscanner en urgence (max 24h) ou à défaut échographie rénale

Antibiotiques identiques à la pyélonéphrite aiguë simple (chapitre précédent) pendant 10 jours.

Réévaluation systématique à 72 heures.
ECBU de contrôle uniquement en cas d’évolution défavorable après 72 heures.

Colonisation urinaire pendant la grossesse

Colonisation urinaire gravidique
Patiente asymptomatique avec un ECBU positif avec un seul germe à titre ≥ 105 UFC/mL. Idéalement 2 ECBU positifs à une semaine d’intervalle sont requis pour le diagnostic (en pratique 1 seul est admis).
Dépistage par BU mensuelle (ECBU en cas d’IU pendant la grossesse, uropathie, diabète, antécédent de cystites récidivantes).

Prise en charge par antibiothérapie systématique d’emblée adaptée à l’antibiogramme:

  1. Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
  2. Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours
  3. Fosfomycine trométamol 3g dose unique
  4. Triméthoprime 300 mg/j pendant 7 jours
    Éviter les 10 premières semaines d’aménorrhée.
  5. Alternatives pendant 7 jours: nitrofurantoïne 100 mg x 3/j, cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j (éviter < 10 SA), amoxicilline-acide clavulanique 1g x 3/j

ECBU de contrôle à J8-J10 puis mensuel jusqu’à l’accouchement

NB. Une infection urinaire à Streptocoque B pendant la grossesse impose une antibioprophylaxie péri-natale.

Cystite pendant la grossesse

Cystite gravidique
ECBU systématique avec mêmes seuils que pour les IU non gravidiques (voir BU et ECBU).

Antibiothérapie systématique probabiliste d’une cystite aiguë de la femme enceinte:

  1. Fosfomycine trométamol 3g dose unique
  2. Pivmécillinam (Selexid®) 400 mg x 2/j pendant 7 jours

ECBU de contrôle à J8-J10 puis mensuel jusqu’à l’accouchement

En cas d’échec ou de résistance:

  1. Amoxicilline 1g x 3/j pendant 7 jours
  2. Triméthoprime 300 mg/j pendant 7 jours
    Éviter les 10 premières semaines d’aménorrhée.
  3. Nitrofurantoïne 100 mg x 3/j pendant 7 jours
  4. Alternatives pendant 7 jours: cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j (éviter < 10 SA) ou amoxicilline-acide clavulanique 1g x 3/j

Pyélonéphrite pendant la grossesse

Prise en charge initiale aux Urgences gynécologiques pour une pyélonéphrite gravidique.

Ensuite ECBU mensuel jusqu’à l’accouchement.

Infection urinaires masculine (IU masculine)
ex prostatite, trop réductrice (forme pauci-symptomatique, prostatite, pyélonéphrite aiguë). Symptômes évocateurs: douleurs pelviennes, périnéales, urétrales ou rectales intenses indépendantes de la miction, dysurie, rétention d’urines, douleurs lombaires, signes généraux.
Bandelette urinaire conseillée et ECBU systématique. Positive, la BU conforte la suspicion diagnostique (une BU négative ne permet pas d’éliminer le diagnostic).
Premier épisode, rechercher une uropathie: pollakiurie, miction impérieuse, diminution de la force du jet, nycturie, dysurie ou anomalie au toucher rectal.
Les critères d’hospitalisation sont ceux de la pyélonéphrite.
Hémocultures si fièvre. Le PSA peut être perturbé jusqu’à 6 mois après l’infection.
Échographie des voies urinaires sous 24h si sepsis grave, suspicion de rétention ou de lithiase.
Sinon avec mesure du résidu post-mictionnel, dès le 2e épisode ou en cas de suspicion d’anomalie des voies urinaires (+50 ans).

Infection urinaire de l’homme pauci-symptomatique

En cas d’infection urinaire peu symptomatique (« cystite-like » sans signes généraux): antibiothérapie identique à l’IU masculine symptomatique mais pendant 7 jours.

Infection urinaire de l’homme symptomatique

Recommandations en cas de signes généraux ou de douleurs de type prostatite.

Prise en charge par antibiothérapie probabiliste d’une infection urinaire masculine très symptomatique:

  1. Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j
    Sauf fluoroquinolone dans les 6 mois.
  2. Ceftriaxone IM 1 g/j (2g si obèse)
  3. Hospitalisation

Adaptation à l’antibiogramme dès le rendu des résultats:

  1. Ciprofloxacine 500 mg x 2/j ou lévofloxacine 500 mg/j ou ofloxacine 200 mg x 2/j pendant 14 jours
  2. Cotrimoxazole 800/160 mg x 2/j pendant 14 jours
  3. Ceftriaxone IM 1 g/j pendant 14 jours (2g si obèse)
  4. Entérobactérie productrice d’E-BLSE
    1. Ciprofloxacine ou lévofloxacine ou ofloxacine
    2. Cotrimoxazole
    3. Hospitalisation

SPILF 2018

Traitement prolongé 21 jours si uropathie non corrigée ou autre antibiotique.

graph TB
accTitle: Prise en charge d'une pyélonéphrite en ambulatoire d'après HAS 2021 et SPILF 2018
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Figure. Prise en charge d'une pyélonéphrite en ambulatoire. Dr JB Fron d'après HAS 2021 et SPILF 2018.